Actualmente separada de la zona religiosa, tiene su propio acceso por la fachada de poniente. Las instalaciones están repartidas en tres zonas. La antigua enfermería, las salas del claustro gótico flamígero con algunos detalles mudéjares y la ampliación del comedor por el arquitecto Rafael Moneo en 1994. El claustro fue construido durante la primera mitad del siglo XVI para alojar el hospital y la botica de los monjes. En el centro se encuentra la boca de la cisterna que surtía de agua al hospital y al monasterio. Tras la exclaustración de 1835, fue comprado y dividido entre varios particulares. Tras ser recuperado y restaurado por los franciscanos, alojó durante muchos años las escuelas del Monasterio. Actualmente , en la enfermería, está instalada la Hospedería del Monasterio.
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